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類似構造構築ツール FTrees-FS (FTrees のオプションモジュール)  

リガンド候補構造のデノボデザイン

FTrees-FS1) は、FTrees の検索対象をフラグメント空間に拡張したオプションモジュールです。動作にはFTreesが必要です。
FTrees-FSは、フラグメント空間からFragment Treesを選択し、クエリのFeature Treesに適合する新規リード化合物候補をde novo 合成します。1018個に相当するバーチャル化合物群を5分程度で処理し、高速なFragment-Based Ligand Designを可能にします。

1) Rarey, M. et al. Similarity searching in large combinatorial chemistry spaces. J. Comput. Aided Mol. Des. ,2001, 15, 497-520

FTrees

FTrees-FSの概念図

KnowledgeSpace

KnowledgeSpaceは、BioSolveIT社が作成したフラグメントデータベースです。約10,000件 のユニークなフラグメントと、82個の化学反応ルールにより構成されています。FTrees-FSのフラグメントスペースとして利用できます。

URL: www.biosolveit.de/KnowledgeSpace

・  Fragments × Reactions = 約12,000,000,000化合物の設計
・  論文から得た82個の反応ルールを反映
・  1万件以上のフラグメント構造を登録

KnowledgeSpace

infiniSee

FTrees の機能はケミカルスペース高速探索ツール「infiniSee」に統合されています。ユーザーはinfiniSeeを用いて、簡単な操作で FTrees による既存ライブラリーからの類似構造検索と、膨大なサイズのバーチャル化合物ライブラリーからの FTrees-FS を用いた構造探索が可能です。