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FBLDツール ReCore

ReCore 1)は母核構造置換、フラグメント付加、複数フラグメントの結合によって新規リガンド候補構造を設計するFBLDツールです。受容体の読み込みから、フラグメント交換のための結合の指定、ファーマコフォアの指定など実験研究者がシンプルに操作できるように設計されています。
以下の3つの解析モードが用意されています。

1) Maass, P. et al., Recore: A Fast and Versatile Method for Scaffold Hopping Based on Small Molecule Crystal Structure Conformations.J. Chem. Inf. Mod., 2007, 47, 390-399.

母核置換の手順

母核となる箇所を指定し、その部分に当てはまる分子フラグメントをデータベースから探し出して置き換えます。

ReCoreの特長

1. 既知の生理活性分子の分子フラグメントを置き換えます。
2. 瞬時に3次元で新たな母核を生成します。(数十万件のフラグメントデータベースの中から数秒で最適構造を探索します。)
3. フラグメントは、指定した結合の二面角の一致度により検索します。二面角の一致が最良のフラグメントが常にトップランクにヒットします。(Google-like)
4. ファーマコフォアとリガンド・受容体の形状の拘束を設定できます。

適用例

1. HIV逆転写酵素の既知のリガンドの母核置換

2. Thyrotropin Releasing Hormone (3-peptide)の母核置換

参考文献:

  • 1. Maass et al., J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 390-399.
  • 2. Olson et al., J. Med. Chem. 1995, 38, 2866-2879.

SeeSAR

ReCoreの機能は統合SBDDツール「SeeSAR」に統合されています。ユーザーはSeeSARを用いて、ドッキングシミュレーション、フラグメント交換、結合自由エネルギー推算などを簡単な操作で実行することができます。

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