ドッキングシミュレーション

ASEDock

作成日：　2004年12月27日正式版リリース

最終更新日：　2016年11月17日

作成者：　株式会社モルシス

概要：　　MOEの優れた分子表面のポケット探索機能であるAlpha Site Finderを利用した新規ドッキングプログラムとして、2002年、弊社では、AS_Dockを開発しました。　AS_Dockは、Simulated Annealingに替わる精密なドッキング法として、比較的短時間で高い精度のシミュレーションを行うことができるものです。

次いで、2003年には、AS_Dockで得られた知見を発展させ、さらに受容体ポケットの静電特性に基づくファーマコフォアによる構造検索の技術をドッキングに応用した、Pharmacophore Dock を開発しました。 これは、AS_Dockより高速でバーチャルスクリーニングにも適用可能なドッキングプログラムです。

ASEDock は、これら２つのプログラムの長所を取り入れて発展させたものです。即ち、AS_Dockでは、受容体ポケットの形状の鋳型となるアルファサイトにリガンドを重ねる工程に長時間を要しましたが、ASEDockでは、Pharmacophore Dockと同様に、リガンドの配座発生と重ね合わせの工程を分離し、さらに、排除体積効果を効果的に取り込む独自のASEスコアの採用により、短時間で妥当な初期構造を探索することができます。(特許4688467)

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