分子構築・表示ツール

MOE HLA-Modeler

作成日：　2014年5月20日正式版リリース

最終改訂日：　2016年12月26日

作成者：　株式会社モルシス

概要：　　ヒト白血球抗原(HLA)は共通な立体構造を持ちながら、多様なアミノ酸配列からなる ペプチドを認識・提示します。このため、ペプチドのアミノ酸配列を考慮したHLAの構造モデルを構築する際には、HLA特有の共通構造 の中に存在するペプチド結合部位の差異を反映したモデリングが必要となります。そこで我々はHLAに特化したホモロジーモデリング ツール MOE HLA-Modelerを開発しました。

リリースするプログラムには、以下のものが含まれます。

[MOE HLA-Modeler] HLAの半自動モデリング MOE HLA-Modelerはクエリー配列の入力、HLAデータベースに対する ホモロジー検索、視覚的にわかりやすいテンプレートの選択、モデ ル構造構築、構造最適化といった一連のプロセスをシームレスに行 うことができます。ペプチドが結合する領域を自動認識して配列ア ラインメントを行い、信頼性の高いホモロジーモデリングを可能に します。

[HLAデータベース] HLAの構造・配列を収載したデータベース HLA構造データベースはペプチド認識部位で構造を重ね合わせた 立体構造データを収載しているため、構築したモデル構造と既知の X線結晶構造との比較を容易に行うことができます。 HLA配列データベースは遺伝子座ごとにアラインメント済みのHLA 配列を収載しています。そのため、類似配列検索を行った際、同一 遺伝子座の配列情報を即座に抽出ことができます。

[HLA Model Analyzer] モデリングした構造の解析ツール HLA Model Analyzerはモデル構造と既知のX線結晶構造との比較を 行います。RMSDによる比較やMOEのPLIF機能を用いたペプチド-HLA間 の相互作用解析ができます。

【謝辞】
本研究開発は東海大学の平山令明教授との共同で行ったものです。 ここに謝意を表します。

なお、2013年10月発行のInternational Journal of Medicinal Chemistry誌にMOE HLA-Modelerの論文を掲載しておりますので ご参照下さい。
こちら

SVLコードの入手：

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