分子構築・表示ツール

静電ポテンシャル計算ツール

作成日：　2010年12月21日

作成者：　株式会社モルシス

概要：　

Poisson-Boltzmann方程式により空間の静電ポテンシャルを計算するプログラムです。
計算結果は等値面グラフィックスなどで確認できます。

設定方法：　

1. MOEを終了します。

2. 以下のディレクトリを作成します。
   $MOE/custom/svl/rsi.svl/

3. pbepotential.svlを $MOE/custom/svl/rsi.svl/ に保存します。
   $MOE/custom/svl/rsi.svl/pbepotential.svl

4. MOEを再起動します。

使用方法：　

分子構造をMOEのメインウィンドウに読み込み、以下のコマンドを実行してパネルを起動してください。

　　pbepotential []



オプションパラメーターを設定して OKボタンを押すと静電ポテンシャルが計算されます。

■オプション

Atoms:	計算対象の原子
□ Visible Only:	このチェックボックスをonにすると非表示の原子を無視します。
Temparature:	系の温度（Kelvin）
Interior Dielectric:	原子内部の誘電率
Exterior Dielectric:	溶媒の誘電率
Dielectric Offset:	溶質分子から溶媒までの距離
Salt:、Salt Concentration:	塩の分子構造式と塩濃度
Grid Spacing:	5以下の値を設定するとグリッドの間隔（Å）、5より大きな値を設定すると各軸方向のグリッド点の数。 値を1つだけ入れると、X, Y, Zの各軸に対して同じ設定が使われる。AxBxCという表記にすると軸ごとのグリッド点の数。
Grid Extend:	グリッドボックスで囲う範囲の指定。計算対象の原子からどの程度離れた位置まで囲うかを指定する。Grid Extendの値、3.0、最も大きな原子半径の3倍のうち、最も大きい値が使われる。
□ Linearized Poisson-Boltzmann equation:	このチェックボックスをOnにすると線形化した Poisson-Boltzmann方程式から静電ポテンシャルを求める（Offの場合は非線形）

計算完了後、自動的に Grid Analyzerパネルが開きます。
Grid Analyzerパネル中段の Isosurfaces部分を Noneから Lineや Solidに変更し、等値面の値(kcal/mol)を指定して空間の静電ポテンシャルを観察できます。