Graphic Name: | 計算結果のグラフィックス名。同名のグラフィックスがある場合は上書きされる。現在の一覧は MOE | Window | Graphic Object Managerから管理できる。 |
Graphics: | 描画するグラフィックスについての設定。Solid: 体積を描画、 Dot: 計算に使用したグリッド点を描画、Color: 色、TR: 透明度。 |
Grid space: | グリッド点の間隔 (Å)。値を小さくするとより精密な体積が得られる。 |
VDW radius: | 体積計算に使用する半径のファンデルワールス(VDW)半径に対する割合(%)。標準では 100。もし 90であれば VDW半径*0.9の半径を使用した体積計算を行う。 |
Atoms1: | 対象原子1。デフォルトは Ligand Atoms。 MOEの Site Finderから登録したダミー原子によるサイトは Dummiesから指定できる。このとき体積計算に使用する半径として、以下の2種類から選択可能。
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Atoms2: | 対象原子2。デフォルトはAtoms1の周辺原子(Near Atoms1)。周辺原子の範囲はWithin(Å)で設定。Noneを指定するとAtoms1のみの体積を計算。 |
Operation: | Atoms1 AND Atoms2:Atoms1と2の積集合。接触している領域の体積を表示。 Atoms2 OR Atoms2 : Atoms1と2の和集合。 Atoms1 - Atoms2:Atoms1 - Atoms2 の差分 Atoms2 - Atoms1:Atoms2 - Atoms1 の差分 |
Volume: | 計算結果の体積。※Applyを押すまで表示されない。 |
改訂履歴:
2011/09/30
・Atoms2: のオプションに None を追加し、Atoms1のみの体積を計算できる機能を追加しました。
SVLコードの入手