分子構築・表示ツール

静電ポテンシャル計算ツール


作成日: 2010年12月21日

作成者: 株式会社モルシス

概要: 

Poisson-Boltzmann方程式により空間の静電ポテンシャルを計算するプログラムです。
計算結果は等値面グラフィックスなどで確認できます。

設定方法: 

  1. MOEを終了します。

  2. 以下のディレクトリを作成します。
    $MOE/custom/svl/molsis.svl/

  3. pbepotential.svlを $MOE/custom/svl/molsis.svl/ に保存します。
    $MOE/custom/svl/molsis.svl/pbepotential.svl

  4. MOEを再起動します。

使用方法: 

分子構造をMOEのメインウィンドウに読み込み、以下のコマンドを実行してパネルを起動してください。

  pbepotential []



オプションパラメーターを設定して OKボタンを押すと静電ポテンシャルが計算されます。

■オプション
Atoms: 計算対象の原子
□ Visible Only: このチェックボックスをonにすると非表示の原子を無視します。
Temparature: 系の温度(Kelvin)
Interior Dielectric: 原子内部の誘電率
Exterior Dielectric: 溶媒の誘電率
Dielectric Offset: 溶質分子から溶媒までの距離
Salt:、Salt Concentration: 塩の分子構造式と塩濃度
Grid Spacing: 5以下の値を設定するとグリッドの間隔(Å)、5より大きな値を設定すると各軸方向のグリッド点の数。 値を1つだけ入れると、X, Y, Zの各軸に対して同じ設定が使われる。AxBxCという表記にすると軸ごとのグリッド点の数。
Grid Extend: グリッドボックスで囲う範囲の指定。計算対象の原子からどの程度離れた位置まで囲うかを指定する。Grid Extendの値、3.0、最も大きな原子半径の3倍のうち、最も大きい値が使われる。
□ Linearized Poisson-Boltzmann equation: このチェックボックスをOnにすると線形化した Poisson-Boltzmann方程式から静電ポテンシャルを求める(Offの場合は非線形)


計算完了後、自動的に Grid Analyzerパネルが開きます。
Grid Analyzerパネル中段の Isosurfaces部分を Noneから Lineや Solidに変更し、等値面の値(kcal/mol)を指定して空間の静電ポテンシャルを観察できます。


SVLコードの入手

pbepotential.svl


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