分子構築・表示ツール

pseudorestrain


作成日: 2002年8月6日

作成者: 株式会社モルシス

更新日:2016年2月3日

概要:

  選択された複数の原子を代表する pseudoatom を定義し、各原子との間に距離拘束を掛けます。これは、 $MOE/svl/run/restrain.svl に pseudoatom を定義する部分を付け加えたものです。

設定方法:

次の何れかの方法でインストール・起動してください。
  1. restrain.svl を現在ディレクトリに置く。


  2. 添付ファイルを元のファイルと置き換える。
    1. $MOE/custom/svl/run ディレクトリを表示する。(存在しない場合は作成してください)
    2. ファイル restrain.svl をこのディレクトリにコピーする。

使用方法:

  1. A の場合:
    MOE ウィンドウのコマンドラインインターフェースで、

    run 'restrain.svl'

    と入力する。

    B の場合:

    MOE | Edit | Potential | Restraints...

    で Restraint 定義モジュールを起動する。
  2. Restrain: pseudoatom を選択する。
  3. Pseudoatom にしたい原子をピックして選択する。
    既に選択されている原子を非選択にするには、その原子を再度ピックする。
  4. Create をクリックして、 pseudoatom を作成する。

  Pseudoatom は、選択された原子座標の平均の位置に生成され、原子との距離と同じ 上下限距離に、デフォルトで 10 倍の Weight を持つ拘束が掛けられます。

  NOE に基づく距離拘束は、 pseudoatom と原子間の場合は、 pseudoatom が代表する 原子と原子間の拘束距離に、その原子から pseudoatom への距離を加えて補正して下さい。

r_U(PseudoA - AtomB) = r(PseudoA - AtomA) + r_U(AtomA - AtomB)

  同様に pseudoatom 間の距離拘束には、 pseudoatom からそれぞれが代表する原子へ の距離を加えて下さい。

r_U(PseudoA - PseudoB)
 = r(PseudoA - AtomA) + r_U(AtomA - AtomB) + r(AtomB - PseudoB)


SVLコードの入手

restrain.svl


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