Daylight C.I.S.社製ソフトウェア

製品構成

Daylight C.I.S.社製ソフトウェアは、「データベースシステム」「データ処理ツール」「Webサービス」「ツールキット」の4つに大別されます。
このほか、OracleデータベースやPostgreSQLデータベースに化学情報の処理機能を追加する「DayCart」も用意されています。

製品構成図

データベースシステム

データベースシステムには、THOR/Merlinサーバシステムと、それを利用するためのツールが用意されています。

THOR system 化学情報データベースの登録と参照
Merlin system 高速検索と探索的データ解析
Database Management Package データベースシステムの管理ツール(オプション)
Merlin Control Language Merlin検索自動化用のスクリプト言語(オプション)
Reaction Package 反応データベース機能(オプション)

また、THOR/Merlinデータベースで利用可能なデータコンテンツも取り扱っています。

データ処理ツール

データ処理ツールは、データベースシステムやツールキットの機能を補完し、より高度な機能を提供します。

Clustering Package 大規模セットのクラスター解析
Printing Package テキストとグラフィックスのPostScript出力
Convert Package 構造データ形式の相互変換
sdcluster 母核によるクラスタリング
tautomer 互変異性体構造の生成
DayProp 各種分子記述子の計算
ClogP ClogPおよびCMRの推算
DayCGI Daylightソフトウェアの機能を利用するためのwebツール
Rubicon ルールベースの配座発生

Webサービス

Webサービスは、WebアプリケーションからDaylightソフトウェアの機能を利用するための、Javaで作成されたコンポーネント集です。

canonicalizeSmiles SMILESの正規化(canonical SMILESへの変換)
normalizeSmiles 与えられた規則に従ったSMILESの標準化
getTransform 与えられた化学反応(SMIRKS)に従ったSMILESの変換
convertStructure MOL/SD/RD形式、SMILES形式、THOR形式の相互変換
desaltSmiles SMILESの脱塩処
getTautomers 互変異性体構造の生成 (tautomerツール参照)
getProperties、getClogP 分子記述子・物性推算値の計算 (DayPropツール参照)
getClogP ClogPおよびCMR (ClogPツール参照)
getDepiction 分子構造の描画
deriveScaffold 共通部分構造の抽出
deriveSDClusters 共通部分構造によるクラスタリング (sdclusterツール参照)
generateRTable deriveSDClustersで得られたクラスタから置換基リストを作成

ツールキット

ツールキットは、Daylightシステムへのインタフェースを提供する、C/C++/FORTRAN用プログラミングライブラリ群です。

SMILESツールキット 分子オブジェクトとSMILES言語の取り扱い
SMARTSツールキット 部分構造認識とSMARTSパターン言語の取り扱い
Fingerprintツールキット フィンガープリントの生成とカスタマイズ
THORツールキット THORシステムの利用
Merlinツールキット Merlinシステムの利用
Reactionツールキット 化学反応の取り扱い
Depictツールキット 2Dと3Dの描画情報の生成
HTTPツールキット インターネットを経由した化学情報伝達
Program Objectツールキット 外部プログラムをDaylightオブジェクトとして利用
X-Widgetsツールキット X-View グラフィカルインタフェースの部品

カスタマイズ可能なサードパーティー製品や、ユーザーの独自開発プログラムなどにツールキットを組み込むことで、それらのソフトウェアからDaylightソフトウェアの機能を利用できるようになります。

DayCart

DayCartは、OracleおよびPostgreSQLデータベースに構造情報の格納・検索機能を追加するカートリッジです。

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