Daylight C.I.S.社製ソフトウェアは、「データベースシステム」「データ処理ツール」「Webサービス」「ツールキット」の4つに大別されます。
このほか、OracleデータベースやPostgreSQLデータベースに化学情報の処理機能を追加する「DayCart」も用意されています。

データベースシステムには、THOR/Merlinサーバシステムと、それを利用するためのツールが用意されています。

	THOR system	化学情報データベースの登録と参照
	Merlin system	高速検索と探索的データ解析
	Database Management Package	データベースシステムの管理ツール（オプション）
	Merlin Control Language	Merlin検索自動化用のスクリプト言語（オプション)
	Reaction Package	反応データベース機能（オプション）

また、THOR/Merlinデータベースで利用可能なデータコンテンツも取り扱っています。

データ処理ツールは、データベースシステムやツールキットの機能を補完し、より高度な機能を提供します。

	Clustering Package	大規模セットのクラスター解析
	Printing Package	テキストとグラフィックスのPostScript出力
	Convert Package	構造データ形式の相互変換
	sdcluster	母核によるクラスタリング
	tautomer	互変異性体構造の生成
	DayProp	各種分子記述子の計算
	ClogP	ClogPおよびCMRの推算
	DayCGI	Daylightソフトウェアの機能を利用するためのwebツール
	Rubicon	ルールベースの配座発生

Webサービスは、WebアプリケーションからDaylightソフトウェアの機能を利用するための、Javaで作成されたコンポーネント集です。

	canonicalizeSmiles	SMILESの正規化（canonical SMILESへの変換）
	normalizeSmiles	与えられた規則に従ったSMILESの標準化
	getTransform	与えられた化学反応（SMIRKS）に従ったSMILESの変換
	convertStructure	MOL/SD/RD形式、SMILES形式、THOR形式の相互変換
	desaltSmiles	SMILESの脱塩処
	getTautomers	互変異性体構造の生成 (tautomerツール参照)
	getProperties、getClogP	分子記述子・物性推算値の計算 (DayPropツール参照)
	getClogP	ClogPおよびCMR (ClogPツール参照)
	getDepiction	分子構造の描画
	deriveScaffold	共通部分構造の抽出
	deriveSDClusters	共通部分構造によるクラスタリング (sdclusterツール参照)
	generateRTable	deriveSDClustersで得られたクラスタから置換基リストを作成

ツールキットは、Daylightシステムへのインタフェースを提供する、C/C++/FORTRAN用プログラミングライブラリ群です。

	SMILESツールキット	分子オブジェクトとSMILES言語の取り扱い
	SMARTSツールキット	部分構造認識とSMARTSパターン言語の取り扱い
	Fingerprintツールキット	フィンガープリントの生成とカスタマイズ
	THORツールキット	THORシステムの利用
	Merlinツールキット	Merlinシステムの利用
	Reactionツールキット	化学反応の取り扱い
	Depictツールキット	2Dと3Dの描画情報の生成
	HTTPツールキット	インターネットを経由した化学情報伝達
	Program Objectツールキット	外部プログラムをDaylightオブジェクトとして利用
	X-Widgetsツールキット	X-View グラフィカルインタフェースの部品

カスタマイズ可能なサードパーティー製品や、ユーザーの独自開発プログラムなどにツールキットを組み込むことで、それらのソフトウェアからDaylightソフトウェアの機能を利用できるようになります。

DayCartは、OracleおよびPostgreSQLデータベースに構造情報の格納・検索機能を追加するカートリッジです。