コピー数解析の主な目的の1つは増幅あるいは欠失の領域内に位置する遺伝子を見つけることです。最初に遺伝子リストを作成して、次にリスト内で濃縮されたパスウェイや遺伝子オントロジーを調べることで遺伝子リストを解釈します。

コピー数変異は遺伝子発現に影響を及ぼすことができるので、2つの解析結果を結合して遺伝子の欠失が遺伝子発現量の減少に反映されている証拠を探すことは興味深い研究です。Partekの解析ソフトウェアは2つの実験データを統合して、高度な統計解析を使って得られた知見を立証し、解析結果を表示することができます。