製品構成
ＮＧＳデータ解析ソフトウェア Partek Flow 【新バージョン】
Partek Flowは次世代シーケンサー（ＮＧＳ）データ解析ソフトウェアです。発現解析（RNA-seq, Single Cell RNA-seq, miRNA-seq）、変異解析（DNA-seq）、エピゲノム解析（ChIP-seq）、メタゲノム解析（Metagenomics）に対応しています。参照ゲノム配列へのマッピングから生物学的解釈まですべてのデータ解析ができます。使いやすいインターフェース、強力な統計解析機能、豊富な可視化ツール、最新のゲノムツールといった特長をもつPartek Flowによりデータ解析の経験が少ないウェットの研究者からデータ解析を専門とするドライの研究者まですべての研究者がＮＧＳのデータ解析が可能になります。
Partek Flowはシーケンサーから出力された生データから意味のある解析結果を得るために必要なすべてのツールを搭載しています。FASTQファイル、BAMファイル、遺伝子カウントデータ、変異データ、ピークデータといったデータを選択すると、データの種類に対応した解析メニューが表示されます。解析結果はインタラクティブで豊富な設定項目がある可視化ツールで表示できます。また、論文や学会発表で使用可能な高解像度の画像として出力できます。
特長
- 使いやすいインターフェース
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- コマンド入力なしにマウス操作だけで多種多様なオープンソースの解析ソフトウェアを利用できます。
- 解析パイプライン
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- データノードと解析ノードを組み合わせて解析内容をパイプラインとしてデザインできます。パラメーターを変更した解析ノードをレイヤーとして重ねて表示できるので、パラメーターの検討が容易になります。完成したパイプラインは簡単に再利用したり共有したりできます。
- 豊富な可視化ツール
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- 染色体ビューアーや様々なグラフなど豊富な可視化ツールを搭載しています。可視化ツールはインタラクティブに操作可能かつ設定項目も豊富なので、解析結果を直感的に表示できます。表示した解析結果は高解像度の画像で保存できるので、論文や学会発表に活用できます。
- 強力な統計解析機能
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- 数多くのオープンソースソフトウェアを搭載しているので、アプリケーションごとに最もよく使われる解析アルゴリズムを利用できます。それぞれのソフトウェアにはあらかじめ最適なパラメーターが設定されているので、すぐに解析内容を検討できます。
- データ共有
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- ユーザーは生データや解析結果を簡単に他のユーザーと共有できます。データはサーバー上に保存されるので、データを移動することなくサーバーに接続可能なすべてのパソコンから閲覧できます。
- タスクの実行とメールアラート
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- すべてのユーザーのタスク（解析ノード）はキューに登録されて順番に実行されます。タスクが終了すると登録したユーザーにメールで通知されます。
- 充実したオンラインヘルプ
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- チュートリアル／ユーザーガイド／ウェビナー録画を含む充実したオンラインヘルプを利用できます。
- 国内のサポート体制
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- 日本語での技術サポートを提供します。日本語のチュートリアルや操作説明をご利用いただけます。
- 柔軟な計算リソースの割り当て
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- データ量や解析ソフトウェアに対応して柔軟に計算リソースを増減できます。クラスター環境でのノードの増減やクラウド環境でのリソースの増減に対応します。
- パラメーター設定の変更と保存
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- すべての解析ソフトウェアのパラメーターをプルダウンメニューやラジオボタンなどで自由に設定可能です。最適化したパラメーター設定を保存できるので、再利用したり共有したりできます。
- 多様なインストール環境
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- 単一のサーバー／クラスター環境／プライベートクラウド／パブリッククラウドにインストールできます。アマゾンウェブサービス（AWS）などのクラウドサービスに対応しています。オプションサービスとしてPartek社が提供するホスティングサービスも利用できます。
- セキュリティ／ユーザーアクセスなどのシステム設定
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- ユーザー／グループ／ロールの設定によりシステムやプロジェクトに対する権限を柔軟に設定できます。データを保存するサーバー上のディレクトリーのパーミッションやクォータを設定できます。HTTPSやLDAPなどの利用も設定できます。
- ユーザー定義タスクの利用
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- あらかじめ用意された各種解析ソフトウェアに加えてユーザー独自のタスクを設定できます。設定したユーザ定義タスクは他のユーザーも利用できます。
- タスクの優先度管理
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- キューに登録されたタスクは登録順に実行されますが、タスクの優先度を変更することで実行される順番を変更できます。
- REST APIによる制御
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- REST APIに対応しているので自動制御が可能です。
- 解析内容の履歴
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- プロジェクトごとに解析を行ったタスクの履歴を保持します。履歴からどのような解析を行ったを確認できます。
解析ツール
- アラインメント
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- Bowtie
- Bowtie 2
- BWA
- GSNAP
- Isaac 2
- STAR
- TopHat
- TopHat 2
- TMAP
- HISAT 2
- SRiMP 2
- QA/QCレポート
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- アラインメント前レポート
- アラインメント後レポート
- ERCCスパイクイン
- シングルセル品質管理
- 変異検出
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- Samtools
- FreeBayes
- LoFreq
- Strelka
- CNVkit
- GATK
- 変異のアノテーション
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- SnpEff
- VEP
- dbSNP
- カスタムデータベース
- 遺伝子のカウント
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- Partek期待値最大化アルゴリズム
- Cufflinks
- 遺伝子発現解析
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- Limma trend
- Limma voom
- ANOVA
- Pathway ANOVA
- DESeq2
- Negative binomial
- Poisson
- Non-parametric ANOVA
- GSA
- クラスタリング
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- 階層型
- K-means
- Graph-based
- ピーク検出
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- MACS2
- モチーフ検出
- TSSプロット
- メタゲノム
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- Kraken
- Alpha and Beta diversity
- 可視化ツール
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- 主成分分析
- ヒートマップ
- t-SNE
- バイオリンプロット
- ドットプロット
- ヒストグラム
- ボックスプロット
- 染色体ビューアー
- パスウェイマップ
- UMAP
- 擬時間解析
スクリーンショット
Partek Flowの解析内容や解析結果のスクリーンショットです。クリックすると拡大します。
次世代シーケンサーの対応状況
Partek Flowは主要なメーカーの次世代シーケンサーに対応しています。また、主要なメーカーのマイクロアレイにも対応しています。
- 次世代シーケンサー
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- サーモフィッシャーサイエンティフィック（ライフテクノロジーズジャパン）Ion S5, Ion Proton, Ion PGMS, SOLiD
- イルミナHiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq, iSeq, NovaSeq
- PacBio RSⅡ
- Nanopore MinIONなど
※FASTQファイル、BAMファイルを解析することができます。
- マイクロアレイ
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- サーモフィッシャーサイエンティフィック（旧アフィメトリクス）GeneChip
- イルミナBeadArray
- GENEVESTIGATOR
- 遺伝子発現データベース