複数の実験変数が遺伝子発現に影響を与える場合があります。しかし、大多数の解析ソフトウェアは複数の因子を考慮に入れる設定をすることができません。Partek社製解析ソフトウェアはもっとも複雑な実験デザインでさえ取り扱うことができます。自由度が高い絞り込み条件により、簡単に技術的なノイズを除去して実験の中で重要な遺伝子に絞り込むことができます。
生データから自信をもって生物学的に意味のある結果を得ることができます。RNA-seqの標準化において、total count, RPKM, TMMを含む幅広く利用されている手法を利用できます。

遺伝子発現解析では、発言変動遺伝子を検出する以上のことができます。Partek社製解析ソフトウェアを使って、遺伝子のリストを得るだけでなくエンリッチメント解析を使ってパスウェイや遺伝子セットの観点で検出した発現変動の生物学的解釈ができます。
Partek社製解析ソフトウェアを使ってRNA-seqデータを詳しく調べることで、実験条件間で選択的スプライシングが起きている転写産物を検出できます。さらには、統合ゲノムビュアーによりアイソフォームの発現結果をすばやく簡単に可視化します。
Partek社製解析ソフトウェアにより複雑な実験の仮説に対して解を得ることもできます。タイムコースの実験結果から遺伝子発現変動のパターンを検出したり、論文のデータから分類モデルを作成したり、遺伝子と臨床アウトカムの間の相関を調べることでバイオマーカーを探索したりする際にPartek社製解析ソフトウェアを利用できます。
実験を計画する時にもPartek社製解析ソフトウェアは役に立ちます。検出力検定により、注目する発現変動を検出するのに必要なサンプル数を推定できるので最も効果的な実験デザインができます。

発現調節因子と遺伝子の変異は遺伝子発現に変化をもたらす場合があります。複数のデータセットを並行して解析することは、表現型の原因となっている分子メカニズムを同定する強力な方法です。
統合解析の主なボトルネックは、異なる実験のデータや解析結果を結合することです。Partek社製解析ソフトウェアは、RNA-seqやマイクロアレイの遺伝子発現解析のデータとChIP-seq、コピー数変異(CNV)、メチル化、マイクロRNA発現を含む様々な解析結果を簡単に結合できます。