製品構成
NGS/アレイデータ解析ソフトウェア Partek Genomics Suite 【新バージョン】
Partek Genomics Suiteは次世代シーケンサー(NGS)とマイクロアレイの両方のデータ解析が可能なソフトウェアです。qPCRのデータ解析も可能です。複数コア対応と効率的なメモリー管理により一般的なデスクトップパソコンやノートパソコンでNGSや高密度アレイ(SNPアレイなど)から得られた大容量のデータを高速に解析できます。使いやすいインターフェースと豊富な可視化ツールによりPartek Genomics Suiteはデータ解析の経験が少ないウェットの研究者からデータ解析を専門とするドライの研究者まですべての研究者とって最適な統合ソフトウェアです。また、Partek Genomics Suiteは実験の目的に応じて遺伝子発現解析、染色体コピー数解析、転写因子結合部位解析、メチル化解析など数多くの解析が可能なワークフローを搭載しています。
特長
- 使いやすいインターフェース
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- マウス操作だけでNGSやマイクロアレイのデータ解析ができます。
- ワークフロー
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- NGSやマイクロアレイで一般的な解析アプリケーション(遺伝子発現解析、染色体コピー数解析、RNA-seq、ChIP-seqなど)に対応したワークフローを搭載しています。ワークフローのメニューを上から順番に実行していくと、アプリケーションに必要な一連の解析が可能です。
- 豊富な可視化ツール
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- 染色体ビューアーや様々なグラフなど豊富な可視化ツールを搭載しています。可視化ツールはインタラクティブに操作可能かつ設定項目も豊富なので、解析結果を直感的に表示できます。表示した解析結果は高解像度の画像で保存できるので、論文や学会発表に活用できます。
- 強力な統計解析機能
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- アプリケーションごとに最適な解析アルゴリズムを搭載しています。それぞれのアルゴリズムはあらかじめ最適なパラメーターが設定されています。
- 主要なプラットフォームに対応
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- 主要なメーカーのNGSやマイクロアレイのデータに対応しています。NGSは参照ゲノム配列にアラインメントしたBAMファイル/SAMファイルを読み込むことができます。マイクロアレイは各社のスキャナーから出力されたファイルを読み込むことができます。
- 幅広い動作環境
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- Windows、macOS、Linuxがインストールされたデスクトップパソコン/ノートパソコンにインストールできます。
- 充実したオンラインヘルプ
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- チュートリアル/ユーザーガイド/ウェビナー録画を含む充実したオンラインヘルプを利用できます。
- 国内のサポート体制
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- 日本語での技術サポートを提供します。日本語のチュートリアルや操作説明をご利用いただけます。
解析ツール
- ワークフロー
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- Gene Expression
- miRNA Expression
- Exon
- Copy Number
- Allele Specific Copy Number
- LOH
- Association
- Trio
- Tiling
- ChiP-seq
- RNA-seq
- miRNA-seq
- DNA-seq
- Microarray Loci Methylation
- Microarray Region Methylation
- Metx-Gen Sequencing Methylation
- 統計解析
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- ロジスティック回帰
- False Discovery Rate
- バッチ効果除去
- 各種標準化
- 多重検定補正
- χ二乗検定
- フィッシャー正確確率検定
- 検出力分析
- 各種補正
- 予測モデリング
- 統合データベース
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- RefSeq
- dbSNP
- miRBase
- JASPAR
- Ensembl
- GENCODE
- TargetScan
- その他
- データ分析
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- 部分最小二乗法
- パーティショニングクラスタリング
- 階層型クラスタリング
- カスタムデータベース
- 対応分析
- 主成分分析
- 多次元尺度構成法
- 自己組織化マップ
- パターン認識
- 生物学的解釈
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- GOエンリッチメント解析
- 遺伝子セットANOVA
- 遺伝子セットエンリッチメント解析
- Partek Pathwayとの連携
- スプレッドシート機能
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- データの変換と入換え
- 無制限の行数/列数
- 値のコピーペースト
- テキストファイルやCSVファイルの読込み
- 多様な絞り込み設定
- スプレッドシートの結合
- ゲノムデータ解析
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- BAMファイルの遺伝子カウント
- Genomic Smoothing
- マイクロアレイのアノテーション
- ゲノムデータの統合
- GCRMAおよびRMA補正
- モチーフの検出と探索
- 可視化ツール
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- ベン図
- ゲノムビューアー
- 箱ひげ図
- カリオグラムビューアー
- 染色体ビューアー
- スキャッタープロット
- ドットプロット
- ヒートマップ
- バイオリンプロット
- ヒストグラム
- ボルケノプロット
- その他
- ゲノムデータ型
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- テキストファイル
- CELファイル
- iDATファイル
- BAMファイル
- その他
スクリーンショット
Partek Genomics Suiteの解析内容や解析結果のスクリーンショットです。クリックすると拡大します。
次世代シーケンサーとマイクロアレイの対応状況
Partek Genomics Suiteは多数のメーカーの次世代シーケンサーやマイクロアレイに対応しています。また、カスタムアレイにも対応しています。
- 次世代シーケンサー
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- サーモフィッシャーサイエンティフィック(ライフテクノロジーズジャパン)Ion S5, Ion Proton, Ion PGMS, SOLiD
- イルミナHiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq, iSeq, NovaSeq
- マイクロアレイ
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- サーモフィッシャーサイエンティフィック(旧アフィメトリクス)GeneChip
- イルミナBeadArray
- アジレント・テクノロジーDNAマイクロアレイ
- GENEVESTIGATOR
- 遺伝子発現データベース