Partek Flow
（次世代シーケンサー/マイクロアレイデータ解析ソフトウェア）
tab:{
title:{概要}
概要
次世代シーケンサー（ＮＧＳ）やマイクロアレイは変異解析、遺伝子発現解析、メチル化解析など様々なアプリケーションで幅広く利用されています。ＮＧＳやマイクロアレイを使った網羅的な解析は全遺伝子や全ゲノムレベルの解析結果が一度に得られるメリットがありますが、得られた膨大な結果から有意な情報を抽出して生物学的に意味のある考察を行うためには解析の目的にあった統計解析の手法を用いる必要があります。そこでPartek or illumina? 社では、面倒なコマンドラインでの操作、膨大なデータ解析および出力結果の解釈をサポートするＮＧＳ／マイクロアレイのデータ解析ソフトウェアPartek Flowを提供しています｡
Partek Flowは、ゲノム／トランスクリプトーム／エピゲノム／メタゲノムの領域でＮＧＳやマイクロアレイのデータ解析をサポートします。Partek Flowは、研究の目的に沿った最適な統計解析手法をコマンド入力などの複雑な操作なしに簡単に実行でき、解析結果を分かりやすく可視化できるので結果の解釈に役立ちます。Partek Flowは、ＮＧＳの多様な解析アプリケーションに対応しています。Partek Flowを利用することでＮＧＳやマイクロアレイのデータ解析を生データの読込みから生物学的解釈まで一貫して行うことができます。
パンフレット
Partek FlowパンフレットPDF版（1.5MB）
illumina社ウェブサイト
Partek Flowの開発元である illumina社ウェブサイトもあわせてご覧ください。
title:{特長}
特長
･ＮＧＳの多様な解析アプリケーションに対応
次世代シーケンサーの発現解析（Single Cell RNA-seq、RNA-seq、miRNA-seq）、変異解析（DNA-seq）、 エピゲノム解析（ChIP-seq）、メタゲノム解析（Metagenomics）のデータ解析ができるソフトウェアです。 参照ゲノム配列へのアラインメントから解析結果の生物学的解釈まですべての解析に対応しています。
･データを選択するとデータの種類に対応した解析メニューを表示
FASTQ ファイル、BAM ファイル、遺伝子ごとのリード数、変異のコール、転写因子結合部位のピークな ど選択したデータの種類に応じた解析メニューが表示されます。解析メニューを選択すると、プルダウンメ ニューやラジオボタンなどでパラメーターを選択できます。コマンド入力なしにマウス操作でマッピングツ ールや変異検出プログラムなど様々なオープンソースの解析ソフトウェアを実行できます。
･パラメーターの検討や解析内容の再利用ができるパイプライン機能
データノードと解析ノードを組み合わせて解析内容をパイプラインとしてデザインできます。パラメータ ーを変更した同じ解析ノードをレイヤーとして重ねて表示できるので、パラメーターの検討が容易になりま す。完成したパイプラインは解析メニューとして保存できるので、別のデータにパイプラインの解析内容を まとめて実行できます。Partek社のウェブサイトでは数多くのパイプラインを公開しています。
･プロジェクト管理機能
サンプルや解析内容はプロジェクト単位でサーバー上に保存されます。プロジェクトを作成したユーザー はプロジェクトを解析可能なユーザーや閲覧可能なユーザーを指定できるので、適切なアクセス制御をしな がらプロジェクトを共有できます。サーバーにデータが保存されるため、ユーザー個人のパソコンにデータ を重複して保存する必要がありません。
･どこからでもアクセス可能
ウェブブラウザーを使ってサーバーにアクセスするため、ユーザーはサーバーと同じLANに接続されたど のパソコンからでも利用できます。Windows／macOS／LinuxのいずれのOSのパソコンでも利用できます。 スマートフォンやタブレットのウェブブラウザーからも閲覧できます。
･クラスターマシンやクラウドサービスでスケーラブルな解析パワー
解析速度はサーバーに搭載された CPU コアの数やメモリー容量などに依存します。クラスターマシンに 対応しているので、タスクを各ノードに振り分けることで処理を高速化できます。アマゾンウェブサービス のようなクラウドサービスに対応しているので、解析するデータ量に応じてサーバーのリソースを増減させ ることができます。サーバーを用意することが難しい場合、Partek社が提供するホスティングサーバーを利用することもできます。
･きめ細かな管理機能
管理者は利用可能なプログラムやパイプライン、保存したパラメーターセットやフィルター条件、アノテ ーション情報などのライブラリーファイルを管理できます。また、ユーザー、グループ、ロール、閲覧可能 なディレクトリーを設定できます｡
title:{動作環境}
動作環境
・サーバー
table2:{ width:[30$70]$$システム要件$仕様$$OS $Red Hat 8／CentOS 8, Ubuntu 18.04 以降 (64bit)$$ CPU$2 GHz以上、4コア以上 (STARを使用する場合は16コア以上)$$ メモリ$64 GB以上$$ ハードディスク$1 TB 以上の空き領域 (SSDを推奨)$$ その他(推奨)$高速インターネット接続環境$$}
・クライアント
table2:{ width:[30$70]$$システム要件$仕様$$ウェブブラウザー$Google Chrome、Mozilla Firefox、Microsoft Edge、Apple Safari$$その他(推奨)$サーバーとの高速なネットワーク接続 1280×1024pixel以上のモニター$$}
}:tab