高品質な三次元分子構造を高速かつ高効率的に生成

CORINA Classicは、強力かつ高速に低分子量から中分子量までの有機分子の三次元分子構造を生成するソフトウェアです。 CORINA Classicは過去数十年の間に何度もバージョンアップを行い、洗練された機能を有し、高品質な三次元分子構造を生成するデファクトスタンダードなソフトウェアとして世界的に認められています。

• CORINA Classicは、大量の構造を効率的かつ確実に処理できるように設計されており、大規模な化学データセットやデータベースを変換するのに最適なアプリケーションです。
• CORINA Classicは高品質な構造を生成します。 公表されているX線構造とCORINA Classic構築モデルとのRMSDは、市販されている全ての分子構造変換プログラムの中でも卓越した性能を持ちます。
• CORINA Classicは非常に高速で、低、中分子量の有機分子で99.5％以上の優れた変換率で動作します。例えば、64 ビット Linux ワークステーションで、NCI オープン データベース (2012 年 5 月バージョン) を変換率 99.6% 、約 10 分と非常に高速に処理します。

主な機能

• 広範囲の有機化合物および多くの有機金属化合物に適用可能
• 分子の大きさやリングシステムの大きさに上限はありません
• 低エネルギー配座の生成
• 立体化学情報を考慮
• 立体異性体（四面体キラル中心およびE/Z二重結合）の生成
• 複数の環構造を含む配座の生成
• 三次元構造生成プロセスを制御するさまざまなオプション
• 高い変換率かつ高速な処理を低コストな計算で実現

適用領域

• 三次元分子データベースの生成
• リードの発見とリードの最適化（例：ファーマコフォア検索、リガンドドッキング解析、分子構造類似性検索）
• 定量的構造活性（物性）相関解析（QSAR/QSPR）
• スペクトル予測と構造解析
• 化学反応予測
• 量子化学計算および力場計算への入力データの作成
• 実験的に決定された構造（X線形状など）の改良

 

操作モード

• バッチモードでの実行 (WindowsのCommand promptや PowerShell、Linux やmacOSのターミナル)
• 直感的で対話的なワークフローベースのユーザーインターフェース
• 内部IT環境とワークフローへの統合のためのインターフェース
• リガンドドッキングプログラムFlexXへのインターフェース
• KNIMEあるいはBIOVIA PipelinePilotのコンポーネントとして利用可能
• MOEのデータベースに含まれる分子の高速な三次元化

動作環境

• Microsoft Windows 7/10 (32 and 64 bit)
• x86 Linux RHEL6 (32 and 64bit) and x86 Linux RHEL7 (64bit)

 

参考文献

• Sadowski, J. Gasteiger, G. Klebe
  Comparison of Automatic Three-Dimensional Model Builders Using 639
  X-Ray Structures. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, 34, 1000-1008.
• H. Schwab. Conformations and 3D pharmacophore searching. Drug Discovery Today: Technologies, Volume 7, Issue 4, Winter 2010, e245-e253.