MOE FAQ: Protein Superpose機能で基質や複合体が移動しない

概要

FAQ 4-1-2 Protein Superpose機能で基質や複合体が移動しない

2つ以上のタンパク質-基質複合体や、多量体を重ね合わせるには、Sequence EditorのHomologyメニューにあるSuperpose機能が最も簡単な方法です。しかしながら、適切に複合体を重ね合わせるには、それぞれの複合体に同じ’Tag’が設定されていなければなりません。以下のいずれかの方法で’Tag’を設定してください。

  • Protein SuperposeパネルのNew Tag:を利用する
  • Atom Managerを利用する
  • SVLコマンドを利用する

Protein SuperposeパネルのNew Tag:を利用する

Protein Superposeパネル内で各ChainにTagを設定することができます。

1. Sequence Editor | Homology | Superposeから、Protein Superposeパネルを開く。
2. Protein Superposeパネル内のリストから、適切なTagが設定されていないChainをクリックして選択する。
3. リスト下部の New Tag: に、Tagの名前を指定し、Apply ボタンを押すとTagが設定され、グループとして扱われます。

Atom Managerを利用する

Atom Managerウィンドウで各ChainにTagを設定することができます。

1. MOE | Window | Atom Managerから、Atom Managerを開く。
2. Atom Manager下部の Compress All ボタンを押し、Chainの階層のみを表示する。
3. Atom Manager ウィンドウにリスト表示されているチェーンを選択し、Tag: を入力してApplyボタンを押す。

例えばチェーン番号1, 2のチェーン、3, 4のチェーンが複合体の組の場合、1, 2のチェーンTagを’cmp1’、3, 4のチェーンTagを’cmp2’などと設定します。

SVLコマンドを入力する

コマンドラインウィンドウにcSetTag コマンドを入力することで各ChainにTagを設定できます。
下記のコマンドは Chain番号 1と2に cmp1、Chain番号 3と4に cmp2を指定する例です。

cSetTag [ ( Chains[] )[ [1,2] ], ‘cmp1’ ];
cSetTag [ ( Chains[] )[ [3,4] ], ‘cmp2’ ];