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FAQ 4-1-2 Protein Superpose機能で基質や複合体が移動しない
2つ以上のタンパク質-基質複合体や、多量体を重ね合わせるには、Sequence EditorのHomologyメニューにあるSuperpose機能が最も簡単な方法です。しかしながら、適切に複合体を重ね合わせるには、それぞれの複合体に同じ’Tag’が設定されていなければなりません。以下のいずれかの方法で’Tag’を設定してください。
- Protein SuperposeパネルのNew Tag:を利用する
- Atom Managerを利用する
- SVLコマンドを利用する
Protein SuperposeパネルのNew Tag:を利用する
Protein Superposeパネル内で各ChainにTagを設定することができます。
| 1. | Sequence Editor | Homology | Superposeから、Protein Superposeパネルを開く。 |
| 2. | Protein Superposeパネル内のリストから、適切なTagが設定されていないChainをクリックして選択する。 |
| 3. | リスト下部の New Tag: に、Tagの名前を指定し、Apply ボタンを押すとTagが設定され、グループとして扱われます。 |
Atom Managerを利用する
Atom Managerウィンドウで各ChainにTagを設定することができます。
| 1. | MOE | Window | Atom Managerから、Atom Managerを開く。 |
| 2. | Atom Manager下部の Compress All ボタンを押し、Chainの階層のみを表示する。 |
| 3. | Atom Manager ウィンドウにリスト表示されているチェーンを選択し、Tag: を入力してApplyボタンを押す。 |
例えばチェーン番号1, 2のチェーン、3, 4のチェーンが複合体の組の場合、1, 2のチェーンTagを’cmp1’、3, 4のチェーンTagを’cmp2’などと設定します。
SVLコマンドを入力する
コマンドラインウィンドウにcSetTag コマンドを入力することで各ChainにTagを設定できます。
下記のコマンドは Chain番号 1と2に cmp1、Chain番号 3と4に cmp2を指定する例です。
cSetTag [ ( Chains[] )[ [1,2] ], ‘cmp1’ ];
cSetTag [ ( Chains[] )[ [3,4] ], ‘cmp2’ ];