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FAQ 4-1-3 ドッキングサイトの計算に受容体以外の分子も考慮する
MOEにはタンパク質の立体構造から自動的にタンパク質表面のリガンド結合部位を検出する
Site Finderという機能が搭載されています。
Site Finderでリガンド結合部位の予測を行う際、デフォルトでは受容体がドッキング対象とみなされますが、
受容体以外の原子も考慮して計算をするには下記の手順で操作します。
1. 受容体とそれ以外に計算対象とする原子を選択状態にする
2. MOE | Compute | Site Finder
3. Site Finder | Atoms の項を Selected Atomsに変更し計算を実行する