MedeA の基本環境 (MedeA Environment) では、基本的な構造構築機能を備えています。これにより、ユーザグラフィカルインターフェース上で直感的な操作でモデル構造を構築することができます。
この構造構築基本機能に加え、拡張的なモデリング機能も提供します。界面やアモルファス構造など複雑な構造のモデリングをサポートする機能です。第一原理計算により遷移状態探索を行う機能も装備しています。

界面モデルを構築するには、バルクモデルから表面を切り出し、 2つの表面モデル間で格子の大きさや位置を調整する必要があります。これらの作業を手作業で行うのは非常に煩雑です。しかしながら、本ツールInterface Builderを利用することで、2つの表面モデルを用意するだけで、自動的に表面の対称性を考慮し、その表面間の界面モデルを網羅的に生成することができます。

TSSは、化学反応や拡散現象などにおけるエネルギープロファイルと遷移状態構造を探索するためのツールです。
表面の吸着・解離反応や拡散のエネルギー障壁の評価に利用することもできます。エネルギーと構造を評価するための第一原理電子状態プログラムとして、VASP を使用します。

ドッキングシミュレーションを行うツールで、ホスト-ゲスト構造モデルを自動的に計算して構築します。メトロポリスモンテカルロ法によってvan der Waals相互作用を即座に評価し、安定な構造を探索します。モンテカルロステップでのゲスト構造の変位や回転の大きさを指定することができます。表面モデルや多孔質モデルなどの構造構築に利用できます。