​​MOE - ペプチドモデリング

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title:{概要}

MOE はペプチド解析のための機能を多数搭載しています。変異体解析として、自動的な変異体モデルの構築と、各種物性値の推算などが可能です。相互作用解析では、ドッキング計算によるペプチド-受容体複合体の構造予測などが行えます。表面解析機能により分子表面の特徴づけも行えます。配列を指定しペプチドを構築することも可能です。ペプチドの解析、改変、構築 を行える多彩な機能により研究をサポートします。

タンパク質で利用できる機能のほとんどはペプチドでも利用できます。

title:{ペプチドモデリング} 

​​ペプチドモデリング

天然アミノ酸あるいは特殊アミノ酸のフラグメントをつなげて簡単にペプチドを構築できます。ペプチドの配列からも構築できます。ペプチドの2次構造として、直鎖、ヘリックス、ストランドなど自由に選べます。天然アミノ酸、特殊アミノ酸への変異も可能で、アミノ酸配座ライブラリーからパッキング、水素結合、二面角などで妥当な側鎖配座を選べます。ユーザーオリジナルの特殊アミノ酸、特殊塩基を登録し変異体構築に用いることも可能です。 環状ペプチドの構築も対応し、LowModeMDによる配座解析と組み合わせて妥当な立体構造を出力できます。

​​変異体モデル構築

変異箇所を重要残基のみに絞るといったように指向性を持たせて複数のペプチド変異体を生成することができます。作成された変異体の熱安定性や受容体との親和性、タンパク質記述子などの物性の計算も自動で行うことができます。

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title:{ドッキングシミュレーション・相互作用解析}

​​​Builder機能を用いたペプチドの改変​

Builder機能を用いて結合するタンパク質の表面パッチを確認しながら、ペプチドを改変することができます。その際、毒性、分子量、極性表面積、LogPといったリガンドの物性をリアルタイムで確認することができます。

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​​​タンパク質-ペプチドドッキング​

残基数の多いペプチドに関してはタンパク質として、少ないペプチドは低分子として取り扱うことで、タンパク質や低分子と同じようにドッキングシミュレーションを行うことができます。得られた複合体の構造はタンパク質の重要部位の特定（エピトープマッピング）、タンパク質-ペプチド間の相互作用の解析・設計に利用できます。

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​​​相互作用解析​

ペプチドとタンパク質の相互作用のパラメーターをリスト表示でき、相互作用している原子をハイライト表示することが可能です。残基数の少ないペプチドに対しては、2D図でペプチドの溶媒露出部分や相互作用を表示することができます。

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title:{ペプチド表面パッチ解析}

ペプチド表面パッチ解析

疎水性、正電荷、負電荷の傾向が強いペプチド表面の一部（表面パッチ）を可視化します。表面パッチは、ペプチドの凝集やタンパク質-ペプチド間相互作用、溶解度などに影響します。凝集を防ぎ溶解度を向上するための残基の特定など活用できます。表面パッチの二次元への投影図は、野生型と変異体との比較などに利用できます。

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