BioSolveIT > アプリケーション > FTrees

アプリケーション

一覧へ戻る

ファジー類似構造検索ツール FTrees 

FTrees ファジー類似構造検索

FTrees 1)は、リガンド化合物の類似構造検索を行うためのソフトウェアです。従来のファーマコフォアやフィンガープリントを使った手法と異なり、より柔軟な類似構造検索を行うことができます。

化合物構造中の官能基が持つ物理化学的特性とそれらの結合からなるグラフ(2次元構造に加えトポロジーの情報を含む)記述子をFeature Treesとして表現します。
クエリとライブラリ化合物間のFeature Treesを比較することで、幾何学的に特性の位置が類似した構造を検出することができます。

FTreesは、リード探索やHTS解析、バーチャルスクリーニングの分野において多くのユーザーから高い評価を得ています。

1) Rarey, M. et al. Feature trees: A new molecular similarity measure based on tree matching. J. Comput. Aided Mol. Des. ,1998, 12, 471-490.

FTrees

特徴

計算速度: 典型的な化合物カタログ(例 Maybridgeの約60,000分子)に対する検索が標準的なPCを使って15秒程度で終了します。
Scaffold Hopping: フィンガープリントベースで類似度が低いと判断された化合物を、FTrees記述子を用いたファジー検索では高い類似度でヒットします。

FTreesによる分子類似度のランキング

モデル構築: FTreesによって重ね合わされた構造から、共通の官能基(または異なる官能基)を明らかにします。

FTreesによる共通骨格の発見

infiniSee

FTrees の機能はケミカルスペース高速探索ツール「infiniSee」に統合されています。ユーザーはinfiniSeeを用いて、簡単な操作で FTrees による既存ライブラリーからの類似構造検索と、膨大なサイズのバーチャル化合物ライブラリーからの FTrees-FS を用いた構造探索が可能です。


関連製品

MOE
統合計算化学システム
PSILO
タンパク質立体構造情報データベースシステム
Chemotargets CLARITY
ターゲット・作用機序予測プラットフォーム